《内经》对疾病的治疗有丰富的内容，特别在非药物疗法方面，有许多详细的论述，简单方便，实用性强，其中许多方法至今仍广为采用。
刺血疗法
“东方之域，……其病皆为痈疡，其治宜砭石”、“已成脓血者，其惟砭石，铍、锋之所取也。”砭石是针具的前身，又称针石、镵石，《内经》主要用它治疗痈疡、疔肿、肌痛等。这种方法奠定了现代刺络放血疗法和外科排脓术的基础。《内经》刺血的主要依据是“病在血络”，并由此确定了“血实宜决之”，“宛陈者除之”的治疗大法。其所载的刺血方法，主要有“络刺”、“赞刺”及“豹文刺”等法。“络刺者，刺小络之血脉也”，“赞刺者，直入直出，数发针而浅之出血……”，“豹文刺者，左右前后刺之，中脉为故，取经络之血”。同时，还就刺血的穴位及部位，操作方法、注意事项和禁忌等内容作了详细论述。
针刺疗法
经砭石之后，又出现骨、竹、陶、金属等针具，用以刺激人体的一定部位，来治疗疾病。在《灵枢·官针》篇中有“九针之宜，各有所为，长短大小，各有所施也。”的记载。《灵枢·九针十二原》、《灵枢·本输》、《灵枢·官针》、《灵枢·小针解》等篇中，从针刺工具，针刺的治疗原则，具体针刺补泻手法，针刺的适应症，针刺的注意事项，针刺禁忌等均进行了详细的论述，为后世针灸学的发展奠定了坚实的基础。
灸疗法
《内经》对灸疗作了一次大总结，从灸疗的起源到各种灸法及其适应症，均有许多的记载。认为灸法的产生与我国北方人民生活习惯及发病特点有着密切的关系。在治疗方面有“陷下则灸之”、“针所不及，灸之所宜”、“阴阳皆虚，火自当之”的论述，说明灸疗有其广泛的适应症，特别强调有些疾病用针刺治疗疗效不佳时，可采用灸疗。同时还介绍了许多用灸法来治疗内脏疾病行之有效的背俞穴。在这些论述中从灸疗的原则、适应症及禁忌症等方面作了详细的论述。
按摩导引
“形乐志苦，病生于脉，治之以灸刺。形乐志乐，病生于肉，治之以针石。形苦志乐，病生于筋，治之以熨引。形苦志苦，病生于咽嗌，治之以百药，形数惊恐，经络不通，病生于不仁，治之以按摩醪药。”这里已明确的将按摩作为一种疗法、一门学科提出。
《素问·举痛论》说：“寒气客于肠胃之间，膜原之下，血不得散，小络急引，故痛。按之则血气散，故按之痛止。”“寒气客于背俞之脉则脉泣，脉泣则血虚，血虚则通，其俞注于心，故相引而痛，按之则热气至，热气至则痛止矣。”等，阐述按摩治病机理能温经散寒、活血补血、舒筋通脉。在《内经》中有不少条文还提到按摩的适应症与禁忌证以及常用手法和特殊手法。
《素问·异法方宜论》说：“其病多痿厥寒热，其治宜导引。”许多医家将导引法解释为通过调整呼吸和运动肢体来防病治病的一种方法。《素问·上古天真论》提出：“把握阴阳，呼吸精气，独立守神”的摄生保健延年益寿的导引法。在《素问·刺法论》说：“肾有久病者，可以寅时面向南，净神不乱思，闭气不息七遍，以引颈咽气烦之，如咽甚硬物，如此七遍后，舌下津，令无数。”说明宁神静思、调整呼吸，有助于治疗肾虚久病。这些内容启发后世医家发展了气功学。
心理疗法
“医不能严，不能动神，外为柔弱，乱至失常，病不能移，则医事不行，此治之四过也。”《内经》中的心理治疗有情志相胜的方法，即“悲胜思……恐胜喜……喜胜忧……思胜怒……怒胜思。”利用五行相胜相克的原理，来调节情绪而达到气血平和。还有祝由和移精变气的治疗方法，利用说理开导，转移病人精神情绪，改变病人的心理状态以调和气血，调理紊乱的气机，达到治病的目的。“人之情，莫不恶死而乐生，告之以其败，语之以其善，导之以其所传便，开之以其苦”。将“告”、“语”、“导”、“开”四字作为言语开导的主要内容和方式，对病人进行心理病机的分析，以解除其思想顾虑，增强战胜疾病的信心。
截肢、放腹水
“发于足指，名曰脱痈，……急斩之，不则死矣。”“脱痈”即“脱疽”，相当于血栓闭塞性脉管炎等病。可见当时对脱疽已有相当深的认识。
《内经》还记载了用“筒针”放出腹水的方法：“徒 ，先取环谷下三寸，以鈹针针之，已刺而筩之，而内之，入而复之，以尽其病，必坚，来缓则烦悦，来急则安静，间日一刺之，尽乃止。饮闭药……无食他食，百三十五日。”对单纯性的腹水，而无风邪所致的周身浮肿，可先以针体宽大的鈹针刺入后，再以筒针插入腹腔，令腹水从筒中流出。并同时以布带束扎腹部，以防烦闷。腹水不可一次放净，可隔日刺放一次，以尽乃止。兼服利水通闭之品，忌进伤肝助湿之食，以防复发。
其他非药物疗法
1.寒冷疗法 “诸治热病，以饮之寒水乃刺之，必寒衣之，居止寒处，身寒而止也。”通过寒冷之物或寒冷之环境对病人机体的影响来治疗热性疾病的方法。这与今天的物理降温相似。
2.饥饿疗法 对治疗怒狂病，除令病人服食生铁落饮外，还认为“食入于阴，长气于阳，故夺其食即已。”食气资助阳热，而限制其饮食，能减少阳热，可治疗因热而狂的病证。
3.束指疗法 “疟之且发也，阴阳之且移也，必从四末始也……先其时坚束其处，余邪不得入，阴气不得出。”对疟疾的发作，用绳带坚束患者的手指、足趾，使邪气不能与其气相并，从而控制疟疾的发作。此法至今在少数地区仍有人使用，其机理有待进一步探讨。
4.吹耳疗法 对于尸厥，告知抢救的具体针刺技法和针刺部位，还介绍了以竹管吹耳的方法，促使经脉之气流通，有利于治疗。在今天，民间中还有人用吹耳法疗鼻衄。
